（一）農產品質量安全監管機構日趨合理改革監管機構
由以往的“分段監管為主，品種監管為輔”的分散監管模式轉變成兩部門集中監管、一部門風險評估制定標準的相對集中監管模式。以此來解決現行食品安全監管體系既有重復監管，又存在監管盲點，沒有做到無縫對接的現實問題。
（二）農產品質量安全監管可能問題
新的食品質量監管機構改革可能面臨兩個主要問題：源頭監管問題及屬地監管問題。
（1）源頭問題。近年來我國發生較大的農產品質量安全問題均與源頭密切相關，如“雙匯瘦肉精事件”等。農產品生產的源頭是兩億多的散戶，散戶就有數量大、比較分散、流動性強、法律意識相對薄弱等顯著特征，盡管提高了市場準入門檻和監管力度，但是依然是我國食品質量安全監管中最難的階段。
（2）屬地問題。2013年新的改革方案依舊采取屬地化的管理模式，即地方政府對食品安全總負責。地方保護主義是屬地管理的最大問題。
（三）適度規模可溯源機制是源頭管理一大利器
提高農產品生產的集約化和組織化程度是解決小而多、散而亂的源頭監管問題的一個有效方法。其一，適度發展規模經營。政府工作報告明確提出：“堅持農村基本經營制度，穩定和完善土地承包關系，按照依法自愿有償原則，健全土地承包經營權流轉市場，有條件的地方可以發展多種形式的適度規模經營”，這為農產品適度規模經營提供了必要政策支持；其二，大力扶持農業合作組織和農業生產企業。養殖種植專業大戶、家庭農場等多種形式的適度規模經營可以將2億多散戶適當集中，降低分散性、流動性，提高可控性，同時可溯源機制的構建和實施有利于對源頭的追溯和監控。
（四）垂直化監管強化中央政府對食品安全的直接監管
垂直化監管能夠強化中央政府對食品安全的直接監管，減弱對地方政府的依賴性。美國、日本、英國、荷蘭等國家采取中央政府對地方政府垂直一體化監管。英國食品安全監管集中在中央一級，具體部門為環境、食品及農村事務部（DEFRA）和食品標準局（FSA）。丹麥合并原有的農業部、漁業部和食品部成立食品與農業漁業部，法國成立食品安全評價中心，荷蘭成立國家食品局等對全國的食品安全進行獨立統一的監管。美國和日本的食品安全監管職責由美聯邦政府或中央一級政府總負責。
農產品質量安全可溯源體系初步建立仍任重道遠
（一）農產品質量安全可溯源體系初步建立
我國食品安全可追溯系統建設始于2004年。2009年2月公布的《食品安全法》中，從第35~39條非常明確地規定了食用農產品包括食品原料、食品添加劑及食品相關產品的生產者、加工者以及采購者，應當建立生產記錄制度、進貨查驗記錄制度和出廠檢驗記錄制度，相關記錄保存期限不得少于2年，初步建立了中國的食用農產品追溯制度。
（二）行業覆蓋面窄和食品鏈內覆蓋面短阻礙農產品質量安全可溯源
我國農產品質量安全可溯源制度建設正在具體實施過程中，我國農產品的物流追溯體系建設卻相對比較緩慢，目前在政府主導下，僅在部分大中型城市對部分農產品如肉類、果蔬類進行了試點，尚沒有在全國范圍加以推廣，農產品物流追溯體系建設仍任重而道遠。我國目前實施可追溯系統的對象主要是初級農產品，涵蓋了糧食、蔬菜、水果、肉類、水產品等，實施的范圍主要是具有規模的企業及農場。現階段構建的食品安全可追溯系統具有兩個明顯的特點：一是行業覆蓋面窄。選擇的實施單位比較窄，沒有覆蓋大多數食品生產、加工組織；二是食品鏈內覆蓋面短。可追溯系統并沒有涵蓋整個食品鏈，通常只實現了某一個或幾個環節的信息追溯。
（三）加強行業立法強制執行是農產品可溯源體系建設的重要保障
無論是歐盟、美國還是日本，政府都是通過法令和市場準入的形式在部分農產品中強制推行可追溯體系，在推行過程中，通過出臺相應生產規范或操作指南等辦法，引導其他農產品經營者自愿建立可追溯體系。如歐盟通過立法形式強制推行農產品可追溯體系建設，制定了良好生產實踐指南和加工操作規程，分別用于農產品種植生產環節和加工環節的指導，《通用食品法》規定肉類食品要強制跟蹤和追源，否則不可上市；美國在強制推行的過程中制定了良好農業操作規范（GAP）、良好生產操作規范（GMP）、危害分析及關鍵點控制認證體系（HACCP）和食品供應可追溯制度（Trace-ability），分別對農產品的生產、加工和銷售階段進行規范，《生物反恐法案》規定提出實行從“田間到餐桌”的風險管理，要求相關企業必須建立可追溯體系；同時，對輸入美國的生鮮農產品要求必須提供詳細的檔案信息且能在4小時之內進行回溯，否則美國將有權對該批農產品就地銷毀。日本則通過全國統一標準的《食品可追溯指南》，在強制推行農產品可追溯體系建立的同時，引導農產品經營企業自行建立適應本企業發展的可追溯體系。
（四）全國統一規范和“三分法”是農產品可溯源體系建設的有效路徑
制定全國統一的農產品生產、加工、儲運、銷售規范作為指導。歐盟、美國和日本在建立物流追溯體系的過程中，都無一例外地對整條供應鏈的關鍵環節如生產、加工等用良好生產實踐指導、良好加工操作規程或良好農業操作規范、良好生產操作規范等標準進行指導和規范，使得各農產品經營企業在建立物流追溯體系過程中，都能遵循全國統一的規范或標準，農產品物流追溯體系才能迅速建立并推廣。中國可以借鑒歐盟、美國和日本的具體做法，結合國內目前已試點成功的項目，制定一套既符合中國農業實際，又與國際標準接軌的農產品生產、經營規范，指導農產品經營企業按標準進行生產、加工和儲運，幫助其逐步建立農產品物流追溯體系，提高我國農產品的整體競爭力。
分品類、分企業、分地區等“三分法”逐步建立農產品可溯源體系。對部分品類、部分企業、部分地區先行建立追溯體系，再逐步推廣。歐盟、美國和日本農產品物流追溯體系都是先從牛肉制品、大型農產品經營企業開始實施，然后再向果蔬類、水產類、大米類滲透。而我國農產品區域性差別較大，各地區發展程度不同，部分地區、部分產品已初步實現了規模化生產和產業化經營，而大部分區域農產品生產規模小，經營水平低。因此，要結合我國各區域農產品的發展狀況，實行差異化策略，分區域、分品類逐步實施：對民眾生活影響較大的品類如奶制品、肉類、果蔬類、大米類先行建立；出口企業、經營規模較大的企業先行建立；中東部發達省份、省會城市先行建立；附加值較高、具有區域特色的農產品先行建立，然后再逐步推廣。
（五）建立農產品物流追溯信息管理平臺建立農產品物流追溯體系
農產品經營企業需要配套相應的硬件設備和軟件系統，給企業帶來了較大的追溯成本。考慮到我國農產品生產經營主體整體集約化程度不高、企業建立物流追溯體系的主動性和執行力不強的實際情況，應該從政府層面建立區域性農產品物流追溯信息管理平臺，對農產品生產和流通過程中所有應公開的信息實現全程、實時實地跟蹤，為消費者提供農產品整條供應鏈的追溯服務，分擔農產品經營企業的物流追溯成本。此外，區域性物流追溯信息管理平臺還應將市場監管部門、檢測機構等納入進來，通過對信息的匯總、分析，在提供農產品追溯信息服務的同時，充分發揮市場分析、風險預警等功能。
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