扫描枪使用专用的条码扫描引擎，扫描后的解码速度为毫秒级，远远高于手机的解码速度；另外两者瞄准方式也有本质的区别，条码扫描枪的瞄准方式叫外瞄准，扣扳机后会有瞄准框对准条码，而手机则是要在屏幕上把条码摆正位置，操作起来没有二维扫描枪便捷迅速。
一、设计上的区别
扫描枪是专门用来扫描解析条码（一维码、二维码）的，只可以做这一件事。手机中扫描二维码功能只是其众多功能的一个。一个是专业的，一个是业余的。
二、解码上的区别
扫描枪一般都是硬件解码，解码速度都是毫秒级别的，有专门的解码芯片在里面；手机扫描二维码，首先是相机拍照，然后内置的解码软件针对所拍到的照片进行解码，然后进行输出，这个过程所用的时间肯定是远远多于扫描枪的。
三、应用场景不同
扫描枪一般都是商业/工业用途，比如超市、工厂、库房、物流等，对扫描速度、扫描精度都有一定要求；而扫描枪基本都有焦点或者瞄准框让你准确定位二维码；手机则没有精确的自动瞄准框，需要手动对准二维码，在扫描速度上、二维码定位上是远远比不过扫描枪的，手机只适合偶尔使用。
四、通信协议不同
扫描枪基本都支持USB口，RS232串口/TTL，网口通信，基本上所有的用到扫描枪的应用软件都是用这几种通信协议的，解码结果直接输出到应用软件上。如超市收银、生产厂家追溯系统、物流仓储系统、出入库系统等。手机扫描后的结果只显示到你手机屏幕上，或者只能和你手机上的APP进行通信互动，要想和PC或其他设备进行通讯，这个中间所做的工作量就太大了，基本没人这么用，费力不讨好。所以未来手机扫描软件不可能代替扫描枪。
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